Primer Premier 5軟體安裝和使用教程

1。 功能簡介

Primer的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設計（primer），

限制酶切點分析

（Enzyme），基元查詢（Motif）。另外功能是

同源性分析

（Allign），並非premier的特長，在此略過。該軟體還有別的一些功能，如序列“朗讀”，DNA與

蛋白序列

的互換（Protein），發聲提示鍵盤輸入等，但是其中最優秀的缺失能設計簡併引物。

簡併引物的出現是出於遺傳密碼的煎餅性。有時需要根據一段

氨基酸

的保守序列反推到DNA水平設計引物。眾所周知，大多數氨基酸（二十種常見氨基酸中的十八種）的遺傳密碼不只一種，因此，由氨基酸序列反推DNA序列時，就遇到部分

鹼基

的不確定性。這種不確定性因物種或者細胞亞結構的不同而異，比如在

線粒體

內的遺傳密碼子與細胞核是不一樣的，甚至

植物線粒體

與無脊椎動物線粒體的遺傳密碼都不盡相同。Primer可以針對各種不同的

遺傳密碼

規律設定不同DNA和氨基酸的相互轉換，這取決於被分析的序列出處。這樣設計出來的引物實際上是多種序列的混合物在某些位點有所變化，但大部分還是相同的，稱之為簡併引物。

2。 是用步驟及技巧

Premier軟體的啟動並開啟一段序列後，介面如下：

其主要功能在主屆面上一目瞭然（按鈕功能如上述）。限制酶切點分析以及基元查詢比較簡單，點選該功能按鈕後，選擇相應的限制酶或

基元

，按確定即可。常見的限制酶和基元一般都可以找到。還可以編輯或者新增限制酶或者基元。

進行引物設計是，點選“Primer”按鈕，介面如下：

進一步點選“search”按鈕如圖2，出現search criteria視窗，有多種引數以調整。搜尋目的（Seach For）有三種選項，PCR引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜交探針（Hybridization Probes）。搜尋型別（Search Type）可選擇上、下游引物（Sens/Anti-sense Primer）都分別查詢）（Both），或者成對查詢（Pairs），或者分別以適合上下有引物為主（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外還可以改變選擇區域（Search Ranges），引物長度（primer length），選擇方式（search mode，）引數選擇（search parameters）等等。研究人員可根據自己的需要設定各項引數。如果沒有特殊要求，建議使用預設設定。然後按“OK”，隨之出現的search progress視窗中顯示的search completed時，再按“OK”，這時搜尋結果以表格的形式出現，有三種顯示方式，上游引物（sense），下游引物（Anti-sense），成對顯示（pairs）。預設顯示為成對方式，並按照優劣次序（rating）排序，滿分為100分，即各指標都能達標（如下圖）

點選其中一對

引物

，如第1#引物，並把上述視窗移開或退出，顯示peimer premier主視窗，如圖所示：

該圖分三部分，最上面是圖示PCR模板及產物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質，最下面是四種重要指標分析，包括

髮夾結構

（Hairpin），

二聚體

（Dimer），錯誤引物情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體行程情況（Cross Dimer）。當所分析的引物有這四種結構的形成時，按鈕由“None”變成”Found”，點選該按鈕，在左下角的視窗中就會出現該結構的形成情況。一對理想的引物應當不存在任何一種上述結構，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有”Found”，只有“None”。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應用。

有時需要對引物進行修飾編輯，如5’端加入限制酶切點，可以點選“Edit Primers”，然後修改引物序列。若要回到搜尋結果中，則點選“Results”按鈕。

若要設計簡併引物，只需要根據源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規則，反推至DNA序列即可。當然，對簡併引物的分析不能像一般引物那麼嚴格。

最後，匯出我們想要的引物對資訊，點選File-Print-Cueernt Pair，選擇Primer Pair進行列印，一般用虛擬PDF印表機如Adobe、福昕、Doro等之類的，確定後選擇儲存位置、名字就可以了。後面我們可以開啟輸出的PDF軟體瀏覽引物對的資訊，並複製這些資訊將其送至相應的生物公司進行引物對合成。

3。

Primer Premier 5軟體下載

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描樓下二維碼

，回覆“

primer5”

雲盤下載。

或者自己在網上搜索（親測，網上是可以找到安裝包的，只是安裝包中會包含一些外掛）。

4。 Primer Premier 5安裝：點選Primer Premier5，點選Activate Product後，記住Machine ID號，開啟

註冊機

，輸入Machine ID號，點選Generate以生成

註冊碼

，記住ID（例如9085），填入primer主程式的Activation kry框中，完成註冊啟用，即可正常使用primer5程式了。