生物軟體，會用這個就夠了！

dnastar軟體怎麼安裝

Geneious

是一款綜合性的生物資訊學軟體，用於分析和處理生物資訊學資料，支援序列對比和系統學分析、引物設計、克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL，、BLAST、蛋白質結構檢視、自動化醫學搜尋等功能。

下載安裝

下載地址http://geneious.com/download

包括Windows， Mac， and Linux版本。需要Java程式的支援。

Geneious主視窗

包括四個介面，來源面板，檔案列表，檔案檢視與幫助面板。

資料來源面板

顯示了儲存的檔案與提供的服務。可以檢視自己的檔案，進入NCBI（Gene， Genome， Nucleotide， PopSet， Protein， Pubmed， SNP， Structure and Taxonomy等資料庫），進入EMBL（Uniprot。資料庫），共享自己的資料庫（需要安裝），檢視同事的資料庫（需要安裝）。

檔案列表

顯示了資料夾內各種型別的檔案。點選檔案在下面視窗可以看到內容，對型別相似的檔案可以多選，共同檢視。雙擊可以檢視具體內容。可任意排序、調整。

檔案檢視

可以檢視序列，比對，樹，3D結構，文章摘要等。

會有以上幾個選項，分別是分享、分屏瀏覽、充滿視窗、新視窗、幫助。

幫助視窗

會顯示實時幫助

工具條

具有許多功能，右鍵可以自定義

功能條

檔案欄

新建資料夾、重新命名資料夾、改變資料夾顏色、移動資料夾、刪除、清除、恢復、全部清除、儲存、另存為、下載、停止下載、備份檔案、恢復備份、輸出、匯入、列印、儲存為影象、退出

編輯欄

撤銷、恢復、剪下、複製、黏貼、黏貼（去註釋）、黏貼反向互補序列、刪除、全選、標註已讀檔案、標註未讀檔案、設定資料夾顏色、在檔案中查詢、查詢上一項、查詢下一項、查詢重複、批次重新命名、移至下一處不一致、移動到鹼基

檢視欄

後退、前進、歷史、搜尋、代理人（自動搜尋科研進展）、下一個未讀檔案、顯示選項、在新視窗開啟檔案、擴大檢視、橫向分屏、縱向分屏、檔案視窗。

工具欄

比對、拼接、建樹、引物、克隆、BLAST、新增/刪除資料庫、物種分類、16s多樣性、提取註釋、提取Mauve比對區域、移除比對列、連線序列或比對、提取一致序列（針對比對）、工作流程、外掛、引數

序列欄

新建序列、提取區域、反向互補序列、翻譯、撤銷翻譯、環形檢視、自由gap比對、改變計數起點、轉換RNA及DNA、設定reads用於拼接、設定read方向、按照ID切割序列檔案、將多序列合併，按照列表提取序列

註釋、預測欄

修整低質量序列、按照資料庫來註釋、查詢ORF、搜尋模體、查詢變異/SNP、查詢低/高覆蓋區域、計算表達量、比較表達水平、翻譯註釋、比較註釋、最佳化密碼子

幫助欄

幫助、教程、線上資源、檢測更新、獲得支援、啟用、安裝生產管理軟體系統、使用流動號、解除啟用、線上購買、有關Geneious。

匯入、輸出和查詢

從硬碟匯入序列

點選File → Import → From file.

輸入格式

輸入格式支援幾乎所有格式

Format

Extensions

Data types

Common sources

BED

*。bed

Annotations

UCSC

Common Assembly Format

*。caf

Contigs

Sequencher

Clustal

*。aln

Alignments

ClustalX

CSFASTA

*。csfasta

Color space FASTA

ABI SOLiD

DNAStar

*。seq， *。pro

Nucleotide & protein sequences

DNAStar

DNA Strider

*。str

Sequences

DNA Strider （Mac program）， ApE

Embl/UniProt

*。embl， *。swp

Sequences

Embl， UniProt

Endnote （8。0 or 9。0） XML

*。xml

Journal article references

Endnote，Journal article websites

FASTA

*。fasta， *。fas， etc。

Sequences， alignments

PAUP*，ClustalX， BLAST， FASTA

FASTQ

*。fastq， *。fasq

Sequences with quality

Solexa/Illumina

GCG

*。seq

Sequences

GCG

GenBank

*。gb， *。xml

Nucleotide & protein sequences

GenBank

Geneious

*。xml， *。geneious

Preferences， databases

Geneious

Geneious Education

*。tutorial。zip

Tutorial， assignment etc。

Geneious

GFF

*。gff

Annotations

Sanger Artemis

MEGA

*。meg

Alignments

MEGA

Molecular structure

*。pdb， *。mol， *。xyz， *。cml，

*。gpr， *。hin， *。nwo

3D molecular structures

3D structure databases and programs

Newick

*。tre， *。tree， etc。

Phylogenetic trees

PHYLIP， Tree-Puzzle， PAUP*， ClustalX

Nexus

*。nxs， *。nex

Trees， Alignments

PAUP*， Mesquite， MrBayes & MacClade

PDB

*。pdb

3D Protein structures

SP3， SP2， SPARKS， Protein Data Bank

PDF

*。pdf

Documents， presentations

Adobe Writer， LATEX， Miktex

Phrap ACE

*。ace

Contig assemblies

Phrap/Consed

PileUp

*。msf

Alignments

pileup （gcg）

PIR/NBRF

*。pir

Sequences， alignments

NBRF PIR

Qual

*。qual

Quality file

Associated with a FASTA file

Raw sequence text

*。seq

Sequences

Any file that contains only a sequence

Rich Sequence Format

*。rsf

Sequences， alignments

GCGs NetFetch

Comma/Tab Separated Values

*。csv， *。tsv

Spreadsheet files

Microsoft Excel

SAM/BAM

*。sam， *。bam

Contigs

SAMtools

Sequence Chromatograms

*。ab1， *。scf

Raw sequencing trace & sequence

Sequencing machines

VCF

*。VCF

Annotations

1000 Genomes Project

Vector NTI sequence

*。gb， *。gp

Nucleotide & protein sequences

Vector NTI

Vector NTI/AlignX alignment

*。apr

Alignments

Vector NTI， AlignX

Vector NTI Archive

*。ma4， *。pa4， *。oa4，

Nucleotide & protein sequences，

*。ea4， *。ca6

enzyme sets and publications

Vector NTI

Vector NTI/ContigExpress

*。cep

Nucleotide sequence assemblies

Vector NTI

Vector NTI database

VNTI Database

Nucleotide & protein sequences，

enzyme sets and publications

Vector NTI

從公共資料庫匯入資料

可以從NCBI和UniProt下載資料，搜尋起來很方便

輸出檔案格式

輸出格式有很多

Data type

Export format options

DNA sequence

FASTA， Genbank XML， Genbank flat， Geneious

Amino acid sequence

FASTA， Genbank XML， Genbank flat， Geneious

Chromatogram sequence

ABI， Geneious

Sequence with quality

FastQ， Qual， Geneious

Annotation

GFF， BED， Geneious

Multiple sequence alignment

Phylip， FASTA， NEXUS， MEGA， Geneious

Assembly

Phrap ACE， Geneious， SAM/BAM

Phylogenetic tree

Phylip， FASTA， NEXUS， Newick， MEGA， Geneious

PDF document

PDF， Geneious

Publication

EndNote 8。0， Geneious

Graphs

CSV， WIG

Document Properties

CSV， TSV， Geneious

管理本地檔案

檔案種類包括序列檔案、引物檔案、酶檔案、染色體檔案、contig、蛋白序列、發育樹、3D結構、序列比對檔案、文章、pdf、其他

可以搜尋和過濾檔案

建立、檢視和編輯序列

序列檢視

基因組檢視

側控制欄：普通、影象、表格、註釋、實時註釋和預測、限制性分析、其他、統計

放大、縮小、移動

各種視覺化效果

改變鹼基顏色、各種顯示效果

顯示核酸、互補鏈、翻譯，可選密碼子與蛋白質顏色

顯示鹼基、GC含量等

顯示註釋

可以進行註釋和基因預測

可以顯示限制性酶切位點

調整各種顯示細節

實時統計所選區域的鹼基、氨基酸、密碼子使用等情況

可以儲存和載入設定的風格

抬頭欄：序列檢視、註釋、點陣圖、文字總結、資訊

左右移動、提取序列至新的檔案、反向互補序列、翻譯、加入/編輯註釋、允許編輯、註釋/預測、引物設計、儲存

DNA、RNA、蛋白質結構檢視

可以檢視RNA、DNA結構

可以檢視蛋白質結構

利用註釋工作

可以檢視，個性化風格、匯出表格、

編輯註釋

提取註釋

匯入註釋

比對幾個基因組的註釋

序列比對

可進行雙序列、多序列、基因組比對，翻譯成蛋白質比對、點陣圖

比對結果峰圖顯示

比對結果序列顯示

拼接和mapping

從頭拼接、Map到參考序列

序列質量過濾

檢視contig

編輯contig

分析拼接和比對查詢多型位點、SNP、計算和比較表達量

建樹

對樹進行美化

引物設計

可以設計引物、克隆引物、遺傳分析用的大量引物、批次設計引物、

克隆

查詢限制性酶切位點、CRISPR位點查詢等等功能

BLAST設定引數

結果

科研日精進：如何用Pathview畫出高大上的基因與代謝通路熱圖？

科研日精進：用Evolview美化系統發育樹，簡單又高階

科研日精進：使用Snapgene進行載體序列分析

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