[文獻解讀]8分的腫瘤大資料探勘是怎樣煉成的？

「作者：白介素2」

摘要文章內容ER單陽性乳腺癌預後不良基因與表觀遺傳改變導致的PR丟失IHC找出ER單陽性組中的非luminal亞型總結

摘要

2018年12月發表了上海復旦腫瘤醫院的基於

「TCGA,METABRIC，SEER」

等資料庫的分析論文，發表在

Theranostics

「雜誌上，影響因子」

IF=8。5。ER單陽性乳腺癌約佔乳腺癌病人總數的10%，全文總共使用了5個數據集，分別包括SEER

，

METABRIC，TCGA， MD Anderson

以及作者自己的資料集作為驗證。

「臨床問題」

：ER單陽性乳腺癌對內分泌治療抵抗，在基因組水平上

「PR」

基因複製數丟失與啟動子甲基化解釋了PR的丟失。有近20%的ER單陽性乳腺癌表現為非Luminal型，並且對內分泌治療不敏感，作者找到了這個亞型的3個biomarker。作者得出結論，ER單陽性組乳腺癌還存在亞型與不良預後相關，應該使用不同的治療策略。

文章內容

ER單陽性乳腺癌預後不良

首先是給出了

「SEER」

與

「METABRIC」

資料集的臨床病理特徵，作者對此做了一些描述。

其次比較了單陽性乳腺癌與

「ER/PR」

陽性乳腺癌及

「TNBC」

的生存率，為了說明ER單陽性乳腺癌的預後更差， 值得一提的是，作者使用了

「OS」

與

「BCSS」

兩個生存時間，

「Breast Cancer-Specific Survival」

指的是從診斷到死亡的時間。生存分析結果如下，很明顯單陽性預後差得多：

作者還做了單因素與多因素Cox分析，結果仍然顯示ER單陽性較ER/PR雙陽性HR高。

基因與表觀遺傳改變導致的PR丟失

使用**TCGA****資料庫分析

「PR」

基因的mRNA表達，蛋白表達，與CNA， 啟動子甲基化的關係，綜合分析。多組學資料也恰恰是

「TCGA」

資料庫的優勢所在（僅展示部分結果）。

* * *

IHC找出ER單陽性組中的非luminal亞型

應用

「TCGA****資料庫對三種乳腺癌進行 「PAM50分型」，並對 「luminal-like」 與」

non-luminal** 組進行常規的差異分析，做

「KEGG」

富集分析，以及一些常規的分析。

找到分型的候選基因，選擇幾個用作免疫組化marker。ER單陽性

「PAM50」

各亞型的內分泌治療敏感性分數展示（可計算）。作者自身的前瞻性分析結果證實內分泌治療在ER單陽性乳腺癌組確實沒有表現出生存差異，可指導臨床治療。

* * *

總結

這篇文獻充分有效的應用了現有大規模腫瘤資料庫，進行多維度，深層次的資料探勘。小夥伴們，可別說資料探勘都是灌水了（不然你灌一個試試）

，還是咱自己多動動腦吧。

個人認為本文有很好的借鑑意義，分享給大家，希望對大家有幫助。附上文獻原文連結。

文獻下載http：//www。thno。org/v08p6386。htm