司馬紹英年早逝
王含見戰敗，忙燒燬了營帳，連夜逃竄。晉明帝司馬紹回到皇宮中，大赦天下，惟有王敦的黨羽不在赦免之列，命令庾亮、蘇峻等人追襲逃到吳興的沈充；溫嶠、劉遐等人追擊逃亡江寧的王含、錢鳳；又分別命令各位將領追捕王敦死黨。
王含準備逃奔荊州投奔王舒，王應說：“我們不如去江州。”
王含說：“大將軍王敦以前與江州王彬的關係怎麼樣，你難道不知道嗎，居然想到那裡去？”
王應說：“這正是我們應該去的理由，江州的王彬在他人強盛的時候，敢於堅持不同的立場，這不是一般人能比得上的，現在看到他人遭受困厄，他也必定會有惻隱之心。而荊州的王舒循規蹈矩，哪裡能超出常規行事呢！”
王含嗤之以鼻，王應只好隨他逃奔到荊州。
王舒派軍隊相迎，隨後將王含、王應父子沉入江中溺死。王彬聽說王應要來，秘密準備小船等候，王應卻沒來，王彬為此深感遺憾。
錢鳳逃到闔廬州，被周光抓住了斬首，隨後周光向朝廷請求贖罪。
沈充當初跟著王敦謀反之時，曾殺了部將張茂及其三個兒子，張茂的妻子陸氏，聽說沈充要逃回吳興，散盡家財，召集了張茂的舊部，在途中守候沈充，準備抓住沈充剮了為夫報仇。
沈充聽說了這個訊息，不敢回去，繞道而行，竟然誤入故將吳儒的家裡。吳儒笑著說：“我可以被封為三千戶侯了！”沈充說：“你如果顧念往日情義保全我，我家必定會重重報答你，你如果為了私利殺我，我死以後，你的家族也將會滅絕。”
吳儒沒有理他，還是殺死了沈充，並將他的首級送到建康，至此，王敦的黨羽全部平定。沈充的兒子沈勁應當連坐受誅，同鄉錢舉把他藏匿起來，因此得以倖免，後來，沈勁果然滅絕了吳氏全族。
周撫和鄧嶽一起逃亡，周光想放過自己的兄長，只將鄧嶽抓獲，周撫憤怒地說：“我和鄧嶽一起逃亡，你為什麼不先殺我！”恰巧鄧嶽到來，周撫出門對他大喊：“你還不趕快離開，現在有人連親骨肉都想加害，何況是他人呢！”
鄧嶽連忙掉轉船頭而逃，後來與周撫共同隱匿在西陽蠻中，第二年，司馬紹下詔赦免王敦的門黨後，周撫、鄧嶽出來自首，得以免去一死，但是被禁錮起來。
有關部門向司馬紹稟告說：“叛賊王敦的親族王彬等人，都應該革職除名。”
司馬紹說：“司徒王導大義滅親，我都準備寬宥他與王敦的兄弟身份，何況王彬等人也還是王導的近親呢！”於是全部不加查問，隨後又任命王導為太保，以特殊禮儀相待。
司馬紹又追贈在王敦之亂中被害的司馬承、戴淵、周顗、王澄等人官職。
周札的舊部下為周札申辯冤屈，尚書卞壺說：“周札守衛石頭城，竟然開門接納敵寇，不應當追贈他。”
司徒王導則說：“往年的時候，王敦的叛逆行為並不明顯，即使我們這些有識之士都未能察覺，與周札也沒有什麼不同。發現到王敦的叛逆行為後，周札便為國獻身，不久導致被殺，我認為應當與周顗、戴淵同等對待。”
郗鑑不同意，說：“周顗、戴淵他們是因為守節而死，周札引敵寇入城，如果形式不同而賞賜均等，怎麼能勸善阻惡！如果按照司徒的理論，說往年即使是有識之士都與周札沒有區別，那麼司馬承、周顗、戴淵他們都應該承受罪責，又有什麼理由追贈諡號！現在既然褒揚他們，那麼周札當然應該受到貶責了！”
王導堅持說：“周札和司馬承他們，雖然表現形式不同，但都是盡人臣的節操。”
郗鑑駁斥道：“王敦叛亂，本來相持很久不能入城，因為周札為他開啟城門，才使朝廷軍隊遭到失敗。如果王敦過去的所作所為，在道義上與齊桓公、晉文公相似，那麼先帝不就成了周幽王、周厲王那樣的殘暴之君了嗎！”
朝臣們都被郗鑑的一番話說得不敢出聲，但出於安撫江南門閥的需要，司馬紹最終還是採納了王導的意見，追封周札為衛尉官銜。
一次，王導和溫嶠一起謁見司馬紹，司馬紹問溫嶠，前代能統一天下的原因是什麼。溫嶠還沒有回答，王導說：“溫嶠年輕，還不熟悉這一段的事情，請允許老臣為陛下說明。”
王導就從司馬懿開始創業之初，誅殺有名望的家族，寵信並栽培贊成自己的人開始一一述說，以及晉文帝司馬昭後來誅殺高貴鄉公曹髦的事情。司馬紹聽完後，羞愧地掩面倒在床上說：“如果像您說的那樣，晉朝的天下又怎麼能長久呢！”
晉明帝司馬紹聰慧過人，年幼的時候就留下了“舉目見日不見長安”的典故，他遇事有決斷，尤其明白事理，雖然在位期間兵亂連年，饑荒不斷，國事艱難，權臣王敦挾兵威而震懾人主，他始終能虛與委蛇、潛心謀劃，所以最後終能以弱制強肅清大凶。
司馬紹也算是一代明主，只是在王敦之亂平定後沒有多久，年僅二十七歲的他就因病重離開人世，臨終前留下遺命讓王導、郗鑑、庾亮、溫嶠等共同輔佐太子。
五歲的皇太子司馬衍即皇帝位，群臣進獻國璽時，司徒王導因為生病未到，卞壺在朝上生氣地說：“王公難道不是關係國家安危的大臣嗎？先帝的靈柩尚未安葬，即位的皇帝還未登基，這難道是臣子以有病為由辭謝不到的時候嗎！”
王導聽說後，連忙抱病登車趕到，隨後司馬衍即天子位，大赦天下，尊庾皇后為皇太后。因為皇帝年幼，太后臨朝聽政，任命王導錄尚書事，和庾亮、卞壺共同輔佐朝政。由於庾亮是太后的親哥哥，所以政事基本上都由庾亮來裁決。
