如何根據物種拉丁名找到其在NCBI Taxonomy所處的位置

作者：由牧羊的男孩兒發表于遊戲時間：2019-03-19

問題描述：

我想知道某個物種在NCBI的分類系統裡被歸為哪個目、哪個科、哪個屬？單個物種可以手動NCBI網站檢索，如果物種數非常多如何實現？

之前讀

ete3

的幫助文件的時候看到過類似的功能

http：//

etetoolkit。org/docs/lat

est/tutorial/tutorial_ncbitaxonomy。html

。最近可能會用到這個功能，記錄自己使用的程式碼（首先是安裝ete3：自己windows10電腦安裝了Anaconda3，直接在DOS視窗下使用命令

pip install ete3

即可安裝）

單個物種

以石榴

（

Punica granatum

）

為例

from ete3 import NCBITaxa

ncbi = NCBITaxa

name2taxid = ncbi。get_name_translator（［“Punica granatum”］）

for a，b in name2taxid。items（）：

lineage = ncbi。get_lineage（b［0］）

names = ncbi。get_taxid_translator（lineage）

for taxid in lineage：

print（names［taxid］）

輸出結果

root

cellular organisms

Eukaryota

Viridiplantae

Streptophyta

Streptophytina

Embryophyta

Tracheophyta

Euphyllophyta

Spermatophyta

Magnoliophyta

Mesangiospermae

eudicotyledons

Gunneridae

Pentapetalae

rosids

malvids

Myrtales

Lythraceae

Punica

Punica granatum

多個物種將物種拉丁名放到文字檔案裡，每行一個

Lumnitzera littorea

Punica granatum

Heimia myrtifolia

Sonneratia alba

Epilobium ulleungensis

程式碼

import sys

from ete3 import NCBITaxa

input_file = sys。argv［1］

output_file = sys。argv［2］

ncbi = NCBITaxa（）

fw = open（output_file，“w”）

with open（input_file，“r”） as fr：

for line in fr：

species_name = line。strip（）

name2taxid = ncbi。get_name_translator（［species_name］）

for a，b in name2taxid。items（）：

lineage = ncbi。get_lineage（b［0］）

names = ncbi。get_taxid_translator（lineage）

i = 1

for taxid in lineage：

if i < len（lineage）：

fw。write（names［taxid］+“，”）

i = i + 1

else：

fw。write（names［taxid］+“\n”）

print（species_name + “：”，“OK”）

fw。close（）

#使用方法

python 。\get_species_placement_in_NCBI。py 。\Organism_name。txt placement。txt

#輸出結果

root，cellular organisms，Eukaryota，Viridiplantae，Streptophyta，Streptophytina，Embryophyta，Tracheophyta，Euphyllophyta，Spermatophyta，Magnoliophyta，Mesangiospermae，eudicotyledons，Gunneridae，Pentapetalae，rosids，malvids，Myrtales，Combretaceae，Lumnitzera，Lumnitzera littorea

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