基因組DNA引物設計

基因組DNA引物設計

基因組DNA包括外顯子和內含子，基因組DNA引物不同於qPCR的引物設計，基因組DNA引物常用語DNA擴增實驗，今天我們來詳細聊聊基因組DNA引物設計的吧~

以CHRNG基因為例，開啟ensemble官網（如下圖），正確輸入基因名稱及物種，點選“go”進行檢索。

點選左側“Transcript”（如下圖），選擇正確的轉錄本。

點選左側“EXONS”如下圖，並進行下載序列。

下載好的序列如下圖，用記事本開啟即可。

找出基因組DNA序列，如下圖：

複製貼上基因組的DNA至word文件中，如下圖。記得改變回車鍵並找出5’端，1號外顯子前有5’端，最後一個外顯子有3’端。

找出該基因組DNA後進行引物設計。開啟NCBI的“Primer-BLAST”進行引物設計，如下圖：

先輸入“>1”，後輸入選定的基因組DNA序列，設定引數：product size選定150-1000，Database選定“genomic”，選擇正確物種型別，後點擊“Get Primers”進行引物設計，如下圖：

目的基因DNA在設計引物的中間即可，例如你的目的基因是88-90，Forward primer開始在4，結束在27。 Reverse primer開始在783，結束在760。如下圖：

以來是個人總結的基因組DNA引物設計詳細步驟，歡迎交流留言，謝謝。