CRC中SATB2-AS1的擬議機制示意圖AS-lncRNA透過直接互作 改變mRNA的半衰期針對五個胃癌(GC)細胞系和正常組織進行RNA測序,篩選到MKN28和KATOIII這兩個KRT7-AS表達升高
實現LncRNA-Blnc1在小鼠肝臟中特異性敲除的實驗方法1、針對LncRNA-Blnc1的上下游分別設計sgRNA1和sgRNA2,將這兩個sgRNA構建到一個載體上,包裝成腺病毒(adenoviral)
LncTarD提供了一個使用者友好的介面,可以方便地瀏覽、搜尋和下載資料搜尋使用者可以透過首頁的快速搜尋框和“Search”頁面的高階搜尋,查詢與疾病相關的功能性lncRNA-target調控,包括疾病,功能,藥物,lncRNA,靶基因和調
文章作者主要是做了這些事情:1、TCGA資料的下載與提取分離lncRNA2、篩選lncRNA2、確定與預後相關的關鍵lncRNA3、關鍵預後lncRNA的相互關係4、建立Cox歸回模型與做生存分析本文來源於微信公眾號SCI狂人
寒熱腫瘤分簇與精準醫療基於16 個壞死性凋亡相關的 lncRNA 表達將患者重新分組為兩個叢集,cluster1的OS更好,cluster2富集的前10個通路中,有7個與免疫相關,並且免疫評分較高和TME程度較高
catRAPID express:分析RNA和蛋白具體的結合資訊
合併篩選過的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA調控關係就可以得到edges這個檔案
3、m5C相關lncRNA差異表達與臨床病理變數的相關性研究方法與結果:1)研究者對 14個m5C 相關的 lncRNA 進行了單變數分析,並根據單個基因的表達將患者分為高表達組和低表達組
(二)LncRNA與RNA結合蛋白(RNA bind protein, RBP)本節關鍵詞:mRNA穩定性本節相關文獻:Long Noncoding RNA MEG3 Induces Cholestatic Liver Injury by
作者首先說明了在之前的研究中透過RNA pull down聯用質譜的方式確認了lncRNA AGPG與靶蛋白PFKFB3的結合(沒錯,就是在lncRNA與RBP中提到的方法),然後在本文中透過RNA pull down(Fig3a,Fig3
4. RIP(RNA結合蛋白免疫沉澱)RIP是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是瞭解轉錄後調控網路動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點,miRNA/lncRNA/circRNA的結合蛋白如AGO2等
lncRNA功能,引自百度百科lncRNA的功能幾乎涵蓋了基因表達調控的各個層面,如X染色體沉默、染色質重塑、組蛋白修飾、轉錄調控、轉錄後加工以及蛋白質的修飾、定位等,還可以剪下產生各種小非編碼RNA,從而發揮相應作用
圖9 高打分組和低打分組m6A相關基因的表達水平結論本研究作者根據TCGA資料集鑑定鐵死亡相關的lncRNA預後特徵,並研究免疫細胞浸潤在腫瘤微環境中的作用和免疫檢查點在預後中的作用
專案文章 | 一個新的葡萄膜黑色素瘤中具有抑癌作用的 lncRNA ZNNT1技術特點:資訊全面,覆蓋多個數據庫的lncRNA資訊、涵蓋全面的lncRNA序列物種豐富,包含人、大鼠、小鼠lncRNA晶片,其他物種可以進行晶片定製可同時檢測l
(四)CLIP技術在基因調控過程中,RNA結合蛋白或者RNA結合複合物與RNA之間的相互作用研究是揭示RNA介導作用機制的重要研究手段
<更多精彩,可關注微信公眾號:AIPuFuBio,和大型免費綜合生物資訊學資源和工具平臺AIPuFu:www.aipufu.com>根據基因組上的位置關係,lncRNA主要可以分為以下三大類(如下圖所示):1、Intronic
開啟UCSC資料庫:舉例:HOTAIR輸入:HOTAIR點選GO點選紅色的那個序列得到這麼一個圖,點選紅色框,繼續點選,得到這個介面,我們需要修改一些引數:轉錄起始位點上游2000nt和下游100nt區域為我們所選的啟動子區
三、圈——功能聚類接下來作者對錶達差異的lncRNA進行功能富集分析,透過不同GO亞型biological process, cellular component、molecular function三方面和KEGG分析展示肺結核所涉及的細
非編碼RNA研究策略案例分析作者以TGF-β為研究起點,以lncRNA-ATB(lncRNA-activated by TGF-β)為研究主線,主要研究了作為TGF-β下游效應分子的lncRNA-ATB如何促進肝細胞性肝癌的發生發展,從ln
ceRNA調控基因表達的機制圖通常可先以RNALocate資料庫預測lncRNA的胞內定位,一旦透過實驗驗證該lncRNA定居於細胞質,那麼ceRNA機制研究就是板上釘釘的事兒了