常用生物學軟體的安裝與應用（二） —DNAMAN

dnastar軟體怎麼安裝

本期，小編為大家介紹另一款生物學軟體DNAMAN，這是一款專門用於序列比對的軟體。

由於其序列比對顯示的結果非常清楚，很多文獻中的序列比對結果正是透過DNAMAN來呈現的。

這裡小編跟上期一樣，先給大家介紹軟體的安裝，再介紹其常用的功能。

01軟體安裝

軟體解壓後，先點選Setup。exe安裝原版，安裝完成先不要執行DNAMAN；複製DNAMAN。exe 到安裝目錄下（預設目錄為C：\Program Files （x86）\DNAMAN\），替換同名檔案即可。

02 常用功能

還是先看一下DNAMAN的初始介面，從上到下分別是：

主選單：檔案，編輯，查詢，酶切位點，引物等；

工具欄：新建，開啟，列印，複製，貼上等；瀏覽器欄：

介面顯示，前進，後退等。

最左側的則是Channels工具條，用於存放DNA或蛋白序列，DNAMAN中提供20個Channels，也就是一次效能匯入20條序列。

1序列比對

（1）匯入序列

先選中某個Channel，單擊選單→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Sequence File】選中相應的序列檔案即可匯入序列。

也可以點選工具欄中的新建序列檔案，將序列複製到對話方塊中，選中序列，再選中相應的Channel，單擊選單→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Selection】。

（2）多序列比對

單擊選單→【Sequence】→【Alignment】→【Multiple Sequence Alignment】，在Sequence視窗中選擇DNA或者蛋白選項，點選【Channels】進入Selection視窗，選中需要比對檔案所在的channel，點選【OK】載入序列，然後在Sequence視窗中點選【下一步】進入比對方法視窗，這裡選擇預設的比對方法。

比對完成後的結果如下，不同的顏色表示不同的比對情況，

如綠色表示其中兩條序列比對上，紅色表示3條序列比對上，黑色則表示4條序列都比對上。

比對結果通常以圖片形式展示，方法是選中需要顯示的序列，Ctrl+C複製，在左上角出現的視窗中選擇Graph格式，然後貼上到Word或者PPT等檔案中即可。

如果要用比對後的檔案做後續的分析，則單擊選單→【File】→【Save As】，儲存成。msd檔案，可以用於構建進化樹等分析。

2 酶切位點分析

載入序列後，單擊選單→【Restriction】→【Restriction Analysis】，選擇需要分析的酶切位點，點選【完成】即可。

分析結果會給出序列上酶切位點的具體位置，也會給出相應的示意圖。

3 引物設計

載入序列後，單擊選單→【Primer】→【Design PCR Primers for DNA】，引物設計的選項與線上的Primer3相似，主要選擇PCR產物長度、正/反向引物的範圍和引物長度等引數。給出的結果中包含引物位置、引物序列和Tm值等資訊。

關於DNAMAN的常用功能就介紹到這裡，另外DNAMAN還可以用於序列同源性分析，畫質粒模式圖等等，在此不做進一步的介紹。

如果有使用方面的任何問題歡迎在留言處留言。

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