R語言圖片之間的儲存和匯出
1.圖片儲存
圖片儲存的三種方法：
1。1 基礎包作圖的儲存
1。2 ggplot系列圖（包括ggpubr）通用的簡便儲存 ggsave
1。3 eoffice包 匯出為ppt，全部元素都是可編輯模式
1.1 基礎包作圖的儲存
不需要載入任何R包
通用：三段論
（1）圖片儲存的格式及檔名：pdf("test.pdf")
、
png("test.png")
，支援各種合格圖片的格式，注意對應的字尾不能寫錯。
（2）作圖程式碼：
可以寫很多行程式碼。
（3）圖畫完，關閉畫板
：dev。off（），圖畫完需要終止符號。
圖畫完後，點選儲存的圖片，能開啟說明正常，不能開啟，可能程式碼出了問題。
pdf（“iris_box_ggpubr。pdf”）
boxplot（iris［，1］~iris［，5］）
text（6。5，4， labels = ‘hello’）
dev。off（）
##先設定儲存的格式為pdf，再畫圖，執行畫圖程式碼後，圖片儲存在工作目錄下。
1.2 ggplot系列圖(包括ggpubr)通用的簡便儲存 ggsave
##儲存直接儲存）
ggsave（“iris_box_ggpubr。png”）
#右下角出的圖，用ggsave儲存，字尾就是什麼字尾，支援很多種格式，從幫助文件裡翻
##儲存ggplot畫的圖
##賦值儲存
library（ggpubr）
p <- ggboxplot（iris， x = “Species”，
y = “Sepal。Length”，
color = “Species”，
shape = “Species”，
add = “jitter”）
ggsave（p，filename = “iris_box_ggpubr。png”）
#給圖賦值，寫儲存的名稱。
1.3 eoffice包 匯出為ppt,全部元素都是可編輯模式
library（eoffice）
library（ggpubr）
p <- ggboxplot（iris， x = “Species”，
y = “Sepal。Length”，
color = “Species”，
shape = “Species”，
add = “jitter”）
topptx（p，“iris_box_ggpubr。pptx”）
##執行完程式碼後在目錄下生成PPT檔案
字尾.pptx不能寫錯
，儲存好後，開啟PPT——點選右鍵——取消組合，看到圖片有很多可編輯元素，可以編輯橫縱座標的字型字號，圖片的顏色等做一些修飾，切忌不可造假圖片。能用程式碼解決的事情堅決用程式碼，後面需要用到ppt編輯再編輯。
2。拼圖
2.1 R包patchwork
語法簡單，完美相容ggplot2
拼圖比例設定簡單
（1）支援直接p1+p2，比任何一個包簡單
（2）複雜的佈局程式碼易讀性更強
（3）可以給子圖新增標記（例如ABCD，I，II，III，IV這樣）
（4）可以統一修改所有子圖
（5）可以將子圖的圖例移到一起，整體性特別好。
（來自生信技能樹小潔老師課件描述）
library（patchwork）
p1=ggplot（data = iris）+
geom_point（mapping = aes（x = Sepal。Length，
y = Petal。Length，
color = Species））
p2=ggplot（data = diamonds） +
geom_bar（mapping = aes（x = cut，fill=clarity））
R包patchwork的其它介紹
https：//
mp。weixin。qq。com/s/p7LL
LvzR5LPgHhuRGhYQBQ
library（ggplot2）
colnames（iris）
p1=ggplot（iris，aes（Sepal。Length，Sepal。Width））+
geom_point（aes（color=Species））#color=Species
p2=ggplot（iris，aes（Sepal。Length，Sepal。Width））+
geom_point（aes（color=Sepal。Length））#color=Sepal。Length
library（patchwork）##拼圖前一定要載入
p1+p2
##拼圖後，可以用gglpot2的儲存方式去儲存
注意的問題：
程式碼可執行卻不出圖，是因為畫板被佔用
使用程式碼：dev。off（）關閉畫板，出現null device
多次執行dev。off（），到出現null device，再重新執行出圖程式碼或dev。new（）
dev。off（）報錯，提示關閉畫板不存在，慣著它，特例的報錯，不用管
遇到問題可以執行dev。new（），不行重啟Rstudio，再不行重啟電腦：每次重啟都會把一些被破壞的預設設定恢復到原樣。
3。畫圖合輯
3.1 小潔老師的語雀專輯
複習補充：連續型和分散型，以iris為例
library（ggplot2）
colnames（iris）
#圖一程式碼
ggplot（iris，aes（Sepal。Length，Sepal。Width））+
geom_point（aes（color=Species））#color=Species，
#圖二程式碼
ggplot（iris，aes（Sepal。Length，Sepal。Width））+
geom_point（aes（color=Sepal。Length））#color=Sepal。Length
兩者行程式碼畫出的圖，不一樣，圖一的點圖有3種顏色，圖二的圖幾乎只有一種顏色
iris$Species#是離散型資料，table（iris$Species）有三個獨立的值，互不相干的顏色
iris$Sepal。Length#就一堆數字，sort（iris$Sepal。Length），4。3連續到7。9不好分顏色
畫圖箱線圖，希望橫座標按順序排序，但是橫座標不是數字，ggplot預設的橫座標順序與自己的想象有差別，是因為有因子存在，因子有些爭議，有人認為它是資料型別，有人認為它是資料結構。
iris$Species
##最後一列有Levels，Levels是因子的關鍵詞，因子水平的意思
class（iris$Species）
#［1］ “factor”
##R語言基礎比較紮實時再去完因子，不然會崩潰。
##調整橫座標會用到有序因子
畫箱線圖時，連續型的數值不能作為橫縱標，要有重複值，這個以後慢慢去理解
library（ggstatsplot）
##用這個包裡函式的一句程式碼畫出非常漂亮的小提琴圖，難點是這個包的安裝，一個個包找去z
##熱圖學習
？pheatmap
##幫助文件是最好學習熱圖的教程
3.2 資料裡有曾老師給的指令碼和html檔案
詳細介紹很多種圖的一步一步畫法
畫圖部分的擴充套件學習檔案：
基礎包畫圖500行程式碼：zz_Basic plot in R for biotrainee .R
ggplot2畫圖50個案例：top50ggplot.html
4.總結：
一般畫圖都是找別人的程式碼（R 火山圖搜尋），把自己的資料套進去，解決自己的資料與別人資料的差別，就是把自己的資料整理成與示例的資料一樣。
難點不是作圖程式碼，而是如何將自己的資料整理成示例資料的樣子。不同的圖，示例資料是不一樣的，有的是需要矩陣，有的是要資料框，有的是要數值型或是其它型別。作圖資料不可能都是統一型別。
要根據自己的R語言基礎去搞明白，比較資料，能執行成功和不能執行成功的資料差在哪裡：
資料結構
（人家的是矩陣，你的是資料框），
資料型別
（人家的是純數值型，你的裡邊夾雜一些字元型，邏輯型）：用class函式，str函式，is。xx函式判斷。
行、列的組織方式、對應關係
（人家的一行是一個基因，你的一列是一個基因；人家有兩個或是多個示例資料，這兩個示例資料或是多個示例資料之間有對應關係，如兩個表達矩陣，一個表達矩陣的某個資訊有6個列，而你的資訊有8列，和另一個表達矩陣某一行對應關係）：使用轉置函式t（）。
（如果以上的資訊排除了，可能有以下情況）
缺失值，異常值
，重複值等
有的列名還有要求一樣，這個比較少見。
最常見要求是：資料結構，資料型別
說明
以上內容是聽
生信技能樹
小潔老師的
R語言線上課
，根據自己的理解記錄下來，小潔老師授課非常細心，對不同水平的同學都照顧到，並且補充很多技巧（拼圖最好用的包）以及注意事項。
