[乾貨]手把手教你精讀一篇生物學術論文

最近給系裡做Journal Club，精讀了幾篇比較新的論文，趁著思緒還比較清晰，給大家說說我是如何精讀生物學術論文的。

就拿Eric Vivier發表在《細胞》雜誌上的關於NKG2A抗體的論文來舉例好了。（每週四Cell的官網會更新，我一般會去追感興趣的。）

《細胞》雜誌的話，我一般會先看Highlights和封面配圖。

配合配圖讀Highlights可以快速瞭解全文的重點，很多其它的雜誌並沒有這一項，所以是optional，沒有或者不想讀的話就直接去讀abstract。

當然，有時候highlights也不是那麼靠譜，比如這裡的第三點，提到了CD16，然而縱觀全文，CD16只在method裡出現過兩次。所以很顯然，這不是同一個作者寫的，但是可以肯定的是，寫這句話的人很瞭解ADCC作用的機理（抗體Fc部分的地方和NK細胞上CD16相結合，從而啟用NK細胞）。把CD16改成ADCC effect會更符合作者本意。

接下來快速讀一遍Abstract。

非常簡單的摘要，提取重要的資訊：

NKG2A是一個inhibitory receptor

用抗體去block它，可以幫助活躍NK和CD8 T

anti-NKG2A和另一個抗體的組合在患者中很有效，ORR達到了31%

讀完摘要，你就知道了整篇文章的中心內容了。

接下我會跳過大段的背景介紹和文字，直接去讀Figure。

我會先讀Figure的標題，然後看圖。

圖旁的小字一般會告訴你這個實驗是怎麼做的，所以我會配合小字來解讀圖片的資訊。

如果圖中出現陌生的字眼，可以直接利用ctrl+F在文中進行關鍵字搜尋，可以幫你快速瞭解它的意思。

拿這篇論文的Figure 1的圖A舉例。

看到A20，你不知所云，但配合旁邊的小字，你知道它是一種tumor cell的名字。

那Qa-1b又是什麼？配合關鍵字搜尋，你知道了它是NKG2A所結合的binding partner。

知道這些資訊，圖A讀起來就輕而易舉了。左圖就是普通的tumor增長圖，右圖是在Qa-1b被敲掉之後的tumor增長圖。

同樣的方法，把figure 1讀完，最後再讀一遍figure 1的標題作為總結，你已經心中有數了。

接下來，把剩下的figure都按照

標題-->圖&小字 +關鍵詞搜尋 -->標題

的順序讀完。

這裡我需要承認的是，這個方法對於那些對這個領域很熟的人非常適用，然而如果你對其一無所知的話，我建議還是配合文字讀。

而即便那些對這個領域很熟的人，有時候也會讀不懂圖，這個時候就不用走捷徑了，還是回到主體文字大段大段的讀。

把全部的圖讀完之後，這篇論文你已經瞭解了其中的70%-80%了，這個時候，你已經可以給別人present這篇文章了。僅僅是想要做一個journal club的人可以止步於此。

然而，在這裡我想強調的是

精讀

。讓我們試一試站在作者的角度上吧。

這裡有兩個關鍵詞我覺得很重要：

邏輯 （Logic）

結構（structure）

在思考作者為什麼要做這個實驗的時候，你大可以先總結這個文章的整體邏輯和結構。

拿這篇文章舉例，在我讀完它之後，我用xmind做了一個思維導圖。

圍繞NKG2A展開的無非有三點：

它的partner（HLA-E）

它自己的表達

它的抗體

然後我會把這三點進行擴增。

拿第三點舉例，我把抗體的實驗分為了in vitro 和 in vivo，然後在後面加上了相對應的實驗。

整篇論文無非就是圍繞著這個邏輯和結構進行。

作者一共用了三個模型實驗來重複這個思維結構：

兩個老鼠癌症模型（A20&RMA）和一個人體模型（SCCHN）。

此刻，你已經徹底瞭解了作者的思路了。即便閉上眼睛，不帶稿子，你都可以告訴別人這篇論文的全部了。

做一個比喻的話，我們在讀figure部分的時候就好比是在用放大鏡去觀察樹的細節。而後面進行邏輯和結構的總結時，我們就好比登上了山峰去俯瞰整片森林的輪廓。

做研究的樂趣很多時候其實都是源於自己對這個專案的設計，對大局的掌握，而不是像一個傀儡一樣任由老闆操縱你、單純地做實驗。

思維導圖只是其中一個選擇，你不一定需要真正地把它做出來，你也可以用其它形式把它表達出來。但是我想要強調的是，在讀論文的同時，最好去試圖理解這篇文章的邏輯和結構，把它們簡化出來，這可以幫助你站在一個更高的角路去了解全域性，可以幫助你更好的設計實驗。

Reference

Anti-NKG2A mAb Is a Checkpoint Inhibitor that Promotes Anti-tumor Immunity by Unleashing Both T and NK Cells。