噓~才不只是靈光一現~國自然熱點，我有這個檢索秘籍！

作者：由酸菜發表于攝影時間：2021-11-16

嗨，小夥伴們大家好！新的一週我們繼續自噬的話題，自噬調控相關功能基因和非編碼RNA資料庫帶大家都學習過了，新的一週給小夥伴們介紹一款自噬調節相關蛋白及其翻譯後修飾資訊資料庫，一起來看看吧~！

資料庫概覽

THANATOS資料庫（

utophagy，

ecrosis，

pop

osis

rchestrator

，

http://thanatos.biocuckoo.org/index.php#

）收錄細胞凋亡、自噬和程式性壞死調控相關蛋白及其翻譯後修飾資訊。

基於PubMed文獻報道中4，237個實驗鑑定的自噬和細胞死亡調控相關蛋白質資訊，其中3，882個蛋白質來自於8個模式生物，即H。 sapiens（Homo sapien，人），M。 musculus（mus musculus，小鼠）， R。 norvegicus（Rattus norvegicus，大鼠）， D。 rerio（Danio rerio，斑馬魚）， S。 cerevisiae（Saccharomyces cerevisiae，酵母）， D。 melanogaster（Drosophila melanogaster，果蠅）， C。 elegans（Caenorhabditis elegans，秀隱線蟲）和A。 thaliana（Arabidopsis thaliana，擬南芥）。

同時在164個真核生物中進行直系同源比對，提供某個蛋白或訊號通路在不同物種之間的保守性資訊，整合並整合目標蛋白已經鑑定的蛋白翻譯後修飾（PTM）資訊，構建凋亡、自噬及壞死相關通路蛋白調控/相互作用網路。目前，THANATOS資料庫包含191，543個獨特的蛋白質條目，持續更新中。

點選LINKS，展示自噬、壞死和凋亡相關其他資料庫連結。

點選USER GUIDES，展示資料庫檢索、資料瀏覽功能使用指南。

左側選單欄提供翻譯後修飾（PTM）預測、Domain視覺化、熱圖、自噬熒光定量分析軟體等實用工具及各種蛋白及蛋白修飾資訊資料庫連結，感興趣的小夥伴可以自行探索。

資料庫核心功能及操作演示

1、Browse模組

Browse模組有兩大子模組，即按照自噬、凋亡和壞死型別檢視資料和按照物種型別檢視資料。

按照自噬、凋亡和壞死型別，分別點選Autophagy、Apoptosis和Necrosis，展示資料庫收錄8個物種中，2501個自噬相關蛋白及翻譯後修飾資訊，2700個凋亡相關蛋白及翻譯後修飾資訊，575個壞死相關蛋白及翻譯後修飾資訊。

說明，若Browse頁面不勾選ONLY experimentally identified THANATOS proteins，上述各子模組蛋白資訊更多，以自噬為例，有164個物種的120583個蛋白及翻譯後修飾資訊。

以自噬子模組中人類為例，有1444個蛋白資訊，其中1087個有實驗支援，點選後檢視詳細資訊，Ctrl+F頁面檢索MEK1，以ANA-HAS-111557為例。

ANA-HAS-111557為該蛋白在THANATOS資料庫中的ID，基因名為MAP2K1， MEK1或PRKMK1，是MAPK經典訊號通路marker蛋白。點選側邊欄ID，展示MEK1基因不同ID、當前物種、蛋白功能介紹等資訊。

點選左側邊欄ANA Regulation，顯示當前物種人類中MEK1對自噬、凋亡和壞死的調節情況，有3條資訊：其中兩條資訊來自MEK1在其他物種中同源序列，為誘導自噬（AT+）和誘導凋亡（AP+）；另外一條資訊為抑制凋亡（AP-），以參考文獻［51，55］為例，點選檢視參考文獻。

點選左側欄PTM，展示基於EKPD資料庫的MEK1翻譯後修飾資訊，列表提供修飾型別、位點、資料庫及資料庫ID和參考文獻資訊。MEK1蛋白修飾有phosphorylation（磷酸化），ubiquitination（泛素化）、acetylation（乙醯化）和sumoylation（類泛素化）等。

再之後，Sequence部分展示MEK1蛋白氨基酸序列和基因序列資訊。

Drug Target部分展示靶向MEK1的化合物，連結至Drugbank資料庫。

接下來，點選左側欄PPI，展示MEK1蛋白互動網路，滑鼠選中某個節點，節點資訊展示在圖正下方。

Function部分展示MERK1蛋白功能，為MAPK訊號通路的關鍵組成，提供GO/KEGG富集條目。

Orthologs為其他物種中MEK1同源基因，提供ANA ID，點選後直接進入資訊頁面檢視詳情。

表格最底部提供參考文獻。

按照物種型別，分別點選Animals、Plants和Fungi，展示資料庫收錄的動物、植物和真菌中自噬、凋亡和壞死相關蛋白及翻譯後修飾資訊。以人類為例，資料庫收錄有823個誘導自噬、582個抑制自噬、884個誘導凋亡、857個抑制凋亡、148個誘導壞死和105個抑制壞死的蛋白資訊，點選其某一項後，頁面內容與前文類似。

2、Search功能

快速Search功能，在資料庫主頁檢索框輸入THANATOS ID，或Enesembl ID和Uniprot ID，或物種、基因或蛋白名及功能等關鍵詞，勾選或不勾選ONLY experimentally identified THANATOS proteins，點選Submit直接檢索。以MEK1為例，有14條經過實驗驗證的結果，目標蛋白為ANA-HAS-111557。

ADVANCED高階檢索功能有三種，第一種檢索框內容與上述快速檢索介面類似，無非是多了一條檢索框，用於組合關鍵詞。

第二種高階檢索是批次檢索，支援輸入多個關鍵詞，以示例Enesembl為例，Submit之後結果與前述類似。

第三種高階檢索是以蛋白FASTA格式進行匹配檢索，可設定匹配閾值，以示例資料為例，Submit之後稍等待，結果以匹配程度降序排列，內容與前述類似。

文獻案例

以上就是THANATOS資料庫的全部內容，開發並維護資料庫不易，小夥伴們使用時別忘記引用以下文獻哦~！

Deng W， Ma L， Zhang Y， Zhou J， Wang Y， Liu Z， Xue Y。 THANATOS： an integrative data resource of proteins and post-translational modifications in the regulation of autophagy。 Autophagy。 2018；14（2）：296-310。 doi： 10。1080/15548627。2017。1402990。 PMID： 29157087； PMCID： PMC5902229。