如何預測轉錄因子的結合位點
轉錄因子預測的網站有比較多，本著實用至上的原則，今天以人的“轉錄因子SPI1”和“FAU的啟動子“為例給大家簡要介紹如何利用“JASPAR”網站預測轉錄因子的結合位點（transcription factor binding site，TFBS）：
點選如下連結，開啟JASPAR資料庫
https：//
jaspar。genereg。net/
在檢索框內輸入需要預測的轉錄因子名稱“SPI1”；並點選“Advanced Options”，進行資料庫、物種等引數設定，（由於引數的設定並非必須，為了便於操作，以預設的引數進行後續預測）：如下圖：
點選“Serch“鍵，檢索轉錄因子的結合序列：
勾選需要用來進行預測的ID（可以把人的“SPI1”項全部選上），並點選右側“Scan”選項，輸入啟動子序列：
點選序列輸入框下方“Scan“，注意：若檢索到的結合位點比較多，可以透過修改“Relative profile score threshold”引數進行限制，如這次因為結果數太多，我把引數值高到“90”進行限制：
6。下圖紅框內的就是預測的結果：
a。”score“是綜合評分，數值越高越可信
b。”start“與“end”：預測序列起始與結束位置
c。Strand：“-+”指示正義鏈還是反義鏈。
d。Predicted sequence：即為預測到的啟動子結合序列。
PS：可以點選對應的ID號看具體的資訊，或把結果複製出來，自行在啟動子序列上進行比對，標記轉錄因子在啟動子上的結合位置；然後圍繞這個位置設計CHIP-qPCR引物。
文末，還是得分享一下我們的專案表哈大家也瞭解瞭解說不定哪個專案就是你需要的呢，看到即掙到，因為我們的服務真的很實惠，很貼心：
——
專案名稱
儀器型號（型別）
分子生物實驗
——
——
普通RNA引物設計合成驗證
—
基因表達量檢測QPCR
ABI VIIA7實時熒光定量PCR
基因型鑑定（SNP）
ABI VIIA7實時熒光定量PCR
菌種鑑定
3730XL測序儀
CoIP（免疫共沉澱）
——
ChIP
——
RIP
——
RNA pull-down
——
DNA pull-down
——
RNA-RNA pull-down
——
——
專案名稱
儀器型號（型別）
小分子檢測
——
——
非靶向代謝檢測服務
液相質譜AB 5600，安捷倫6545（LC-ESI-QTOF）
原始資料搜庫鑑定分析
——
GCMS鑑定
氣相質譜檢測，安捷倫5977（GC-EI-Q）
物質全譜鑑定
液相質譜AB 5600，安捷倫6545（LC-ESI-QTOF）
靶向代謝檢測服務
液相質譜（LCMS-ESI-QQQ）
小分子短肽氨基酸鑑定
液相質譜（LC-ESI-QTOF）
降解多肽鑑定
Q Exactive™ Focus、Q Exactive
——
專案名稱
儀器型號（型別）
大分子檢測
——
——
蛋白（抗體、抗原）純度檢測
毛細管電泳（CE7100）
超高解析度質譜測試分子量
液相質譜（Q Exactive™ Focus、Q Exactive）
蛋白毛細管等電聚焦電泳 （cIEF）
毛細管電泳（CE7100）
蛋白質微粒聚集體（MFI）
FLOWCAM
SDS-PAGE蛋白分子分析（考染）
六一跑膠電泳儀
SDS-PAGE蛋白分子分析（銀染）
六一跑膠電泳儀
膠條、蛋白樣品鑑定
液相質譜（Q Exactive™ Focus、Q Exactive）
蛋白質非標記定量技術lable free
液相質譜（Q Exactive™ Focus、Q Exactive）
同位素標記定量ITRAQ
液相質譜（Q Exactive™ Focus、Q Exactive）
蛋白質糖基化位點檢測
液相質譜（Q Exactive™ Focus、Q Exactive）
Elisa
Biotek Exl800
WB蛋白質印跡法（Western blot）
六一跑膠電泳儀、轉膜儀
固相抗體
RayBiotech
液相蛋白晶片Luminex
Luminex
廣州如期生物技術有限公司
成立於2016年，始終以探索科學、服務客戶為己任；致力於為高校、科研院所、醫院、製藥企業提供全面、便捷、專業的技術服務和產品。技術方面我們專注於生物醫學領域：公司擁有完善的技術服務平臺，覆蓋分子生物學，轉錄組學、代謝組學、蛋白組學，表觀遺傳等多個科研平臺。在產品方面，自主研究多種型別科研試劑盒20多項，如：COIP、CHIP、RIP等科研檢測試劑盒，較之同類型的進口試劑盒，極大的降低了科研成本。
地
址：廣州市黃埔區茅崗路286號313室
網
址：www.bioruqi.com
聯絡方式：岑經理：13923011544（微信同號）:QQ:
1731643812
程經理：15902081634（微信同號）;QQ:2785508903
公眾號：如期生物
