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如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

作者:由 溪仔尾仔 發表于 攝影時間:2022-08-30

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?(請勿轉載)

材料:

①NCBI Blast網址:

https://

blast。ncbi。nlm。nih。gov/

Blast。cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

②pUC19-M13F(-47):金唯智M13F(-47)正向引物測序結果;

③Addgene下載的pUC19序列(標準序列);

方法(詳細操作步驟):

①點選上述網址,勾選“Align two or more sequences”:

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

②在“Enter Query Sequence”中輸入金唯智M13F(-47)正向引物測序結果(正反向均可,NCBI比較智慧,可以自行調整):

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

③在“Enter Subject Sequence”中輸入Addgene下載的pUC19序列:

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

④ 繼續下滑,“Program Selection”選擇“Optimize for Highly similar sequences (megablast) ”:

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

⑤點選“Blast”,開始分析:

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

⑥程式執行,可能需要幾分鐘:

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

⑦比對結果:

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點選“Description”檢視“Per。Ident”:

100%

表明query sequence完全匹配到subject sequence中。

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點選“Graphic Summary”檢視圖形結果: 此處完全匹配。

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

點選“Alignments”,檢視是否有

點突變

之類,此比對結果將測序結果鹼基序列一一對應到Addgene-pUC19序列中(標準序列)。

如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?

標簽: 測序  序列  BLAST  pUC19  點選