如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?
作者:由 溪仔尾仔 發表于 攝影時間:2022-08-30
如何利用NCBI Blast比對測序結果是否正確?(請勿轉載)
材料:
①NCBI Blast網址:
https://
blast。ncbi。nlm。nih。gov/
Blast。cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
②pUC19-M13F(-47):金唯智M13F(-47)正向引物測序結果;
③Addgene下載的pUC19序列(標準序列);
方法(詳細操作步驟):
①點選上述網址,勾選“Align two or more sequences”:
②在“Enter Query Sequence”中輸入金唯智M13F(-47)正向引物測序結果(正反向均可,NCBI比較智慧,可以自行調整):
③在“Enter Subject Sequence”中輸入Addgene下載的pUC19序列:
④ 繼續下滑,“Program Selection”選擇“Optimize for Highly similar sequences (megablast) ”:
⑤點選“Blast”,開始分析:
⑥程式執行,可能需要幾分鐘:
⑦比對結果:
點選“Description”檢視“Per。Ident”:
100%
表明query sequence完全匹配到subject sequence中。
點選“Graphic Summary”檢視圖形結果: 此處完全匹配。
點選“Alignments”,檢視是否有
點突變
之類,此比對結果將測序結果鹼基序列一一對應到Addgene-pUC19序列中(標準序列)。