實用的線上生信工具彙總（二）
導語
上期給大家介紹了幾個線上的轉錄組分析工具【
實用的線上生信工具彙總（一）
】，本期給大家帶來幾個另外的線上工具，希望能對大家的課題有所幫助。
1。 GWAS Atalas （
https：//
bigd。big。ac。cn/gwas/
）
全基因組關聯分析（GWAS）是科研領域近幾年一直很火的名詞，也發了很多高水平的論文。這個資料庫是中科院基因組所大資料中心開發的GWAS整合資料庫，包括水稻、玉米、
高粱
、棉花、大豆、油菜、杏等7種重要農作物和山羊、豬兩種動物的GWAS資料。
若你的研究課題與上述物種的分子育種、遺傳分析、基因克隆相關，可以試試能否從這個資料庫中找到有用資訊。（好吧，這段話是來自北大羅靜初老師的郵件，在此表示萬分感謝！）
下面還是簡單看一下這個資料庫的內容。
例如我們要查詢已發表的水稻粒長相關的GWAS資料，在搜尋欄中輸入物種和性狀grain length，點選search，可以看到出現3個粒長相關的資訊，點選第一個，就出現目前已發表的所有水稻粒長相關的GWAS資料。有標記位置，p-value，定位到的基因和變異型別等豐富的資訊，真的很好用！
2。 Gcorn plant（
http：//www。
plant。osakafu-u。ac。jp/~
kagiana/gcorn/p/
）
<本段內容轉載自“古奧基因”公眾號>
這是前不久剛剛發表在Plant Physiology上的一篇文章，公佈了一個非常實用的資料庫，只需要輸入基因名字，一步即可獲得很多植物的
同源基因
。
目前Gcorn plant資料庫已經包括62種陸生植物和11種綠藻的
基因組
資訊，共包含2，785，715條序列，並且給出了不同物種同源基因的進化樹，和基因數目的
折線圖
，下面舉例說明資料庫的使用方法。
以擬南芥基因AT2G37040為例，選擇物種Arabidopsis thaliana，輸入基因號，點選Go，進入基因列表，再選擇自己的目標基因，點選Go，即可獲得結果。
結果包括4部分，分別如下：
（1）不同物種同源基因進化樹，且能一鍵匯出這些基因的蛋白序列。
（2）目標基因的基因群系譜圖，結果表明在直系同源事件發生時，基因和物種的數量減少；而旁系同源發生時，基因和物種的數量不變。
（3）物種間的網路圖，表示種與種之間的關係，藍色節點表示含有與目標基因同源的基因的物種，結果表明與
擬南芥
同源關係相近物種大多為十字花科。
（4）不同物種間的進化樹，結果同樣表明與目標基因高度同源的基因只出現在十字花科中。
3。 qPrimerDB （
https：//
biodb。swu。edu。cn/qprime
rdb/
）
實時定量PCR （
qrt-PCR
）能用來檢測特定基因的表達量，做過這個實驗的同學肯定知道qrt-PCR的引物特異性十分重要，甚至能直接影響最終結果。在之前的一期文章裡面小編曾經提到用NCBI裡面的
primer-BLAST
可以設計qrt-PCR引物（
NCBI網站的小彩蛋
）。
其實有一個專門的qrt-PCR引物資料庫，不僅不用自己設計，還能批次生產。
下面就讓我們一起看一下這個神奇的資料庫吧。
在首頁中我們可以看到這是一個專門存放qrt-PCR引物的資料庫，目前已包含516個物種，可以說完全能滿足我們的實驗需求了。操作也異常方便，先選擇物種（這裡以擬南芥為例），再輸入基因ID（最最方便的是可以同時輸入多個基因！），點選搜尋按鈕即可獲得這些基因的qrt-PCR引物。結果包含引物序列，擴增產物長度，引物GC含量和Tm值等資訊，簡直不要太方便有木有！
好了，最後總結一下，今天給大家介紹了3個數據庫，分別是1。 GWAS資料庫，2。
植物同源基因
資料庫和3。 qrt-PCR引物資料庫，喜歡的小夥伴趕緊新增到收藏夾吧，有問題的話歡迎文後留言哦！
往期推送：
實用的線上生信工具彙總（一）
投必得：NCBI網站的小彩蛋
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