細菌基因組上傳NCBI（一）（GenBank）
相信做過細菌基因組測序專案的科研工作者們，在投稿的時候都會碰到編輯要求上傳基因組序列到NCBI，並提供基因組資料登入號的問題。對於初次上傳基因組的小白來說，確實挺犯難的。其實上傳基因組到NCBI， 主要包括三部分：
BioProject
、
BioSample、GenBank
BioProject：測序基因組所屬的專案背景描述。
BioSample：測序樣品背景描述。
GenBank：組裝的基因組（WGS：草圖or Complete：完成圖）
具體操作步驟：
1、
註冊My NCBI賬號
，NCBI主頁右上角 Sign in to NCBI，如果未註冊就申請註冊，很簡單，不做介紹。
2、
申請BioProject號
開啟網址
https：//
submit。ncbi。nlm。nih。gov
/subs/bioproject/
，點選New submission
1）填寫聯絡人基本資訊
2）專案資料型別
3）物種名稱
4）專案基本資訊
5）填寫Biosample。此處省略，直接continue。後面單獨申請Biosample號。
6）Pbulication：文章描述，continue
7）確認填寫的資訊，點選submit後完成
3、
申請BioSample號
開啟網址
https：//
submit。ncbi。nlm。nih。gov
/subs/biosample/
點選New submission
按照步驟往下continue，沒難度，這裡不再介紹。
完成BioProject 和 BioSample後，就開始上傳基因組到GenBank
4、上傳基因組到GenBank
開啟網址 https：//submit。ncbi。nlm。nih。gov/subs/genome 點選New submission
1）submitter
2）general info
組裝方法：填寫組裝軟體和軟體版本，本例是Canu組裝
3）Files
這一步才是整個提交流程的重點，接下來重點講一下如何準備。sqn檔案
檔案準備：genome。sbt ， genome。fsa
1、生成包含作者資訊的 。sbt 檔案
開啟網站
https：//
submit。ncbi。nlm。nih。gov
/genbank/template/submission/
，按要求填寫
2、生成genome。fsa檔案，包含物種，菌株名稱，是否環狀
3、利用tbl2asn 生成 。sqn檔案
tbl2asn -t genome。sbt -p 。/ -a r1k -M n -l paired-ends -V vb -Z discrep
tbl2asn下載連結：
https：//
ftp。ncbi。nih。gov/toolbo
x/ncbi_tools/converters/by_program/tbl2asn/
具體用法可以看下網站說明：
https：//www。
ncbi。nlm。nih。gov/genban
k/tbl2asn2/
將生成的genome。sqn檔案上傳到上面的位置，然後往下conitue，後面的上傳過程很簡單，就不講了。
好了整個細菌基因組上傳就完成了。
總的來說，僅僅上傳基因組序列還是很簡單的，較為複雜的是上傳帶有註釋資訊的基因組。
後面找個時間專門再講講這部分內容。
