文獻管理助手使用說明-瀏覽器就能管理好文獻
文獻管理助手幫助你在瀏覽器內管理好文獻。助手具有全文PDF批次下載、標準化命名文獻、文獻附件管理、文獻標註等多種功能。
文獻管理助手是EasyPubMed外掛子專案，如希望更多瞭解此外掛請關注此文章：
EasyPubMed更新：2021最新JCR影響因子 一鍵新增PubMed文章到文獻管理助手、批次下載
背景
每位科研工作者都需要花費大量的時間進行文獻閱讀，而文獻管理通常比較繁瑣、耗時。在我閱讀文獻過程中，總結了以下常見的‘痛點’：
多軟體切換問題
：閱讀文獻時需要在瀏覽器、文獻管理軟體甚至PDF閱讀器之間反覆切換，對閱讀連貫性偶有影響。
文獻分類管理問題
：文獻管理軟體通常預設將文獻收藏至一個專案，如希望將文獻進行分類收藏通常需要返回文獻管理軟體進行設定，此過程繁瑣，如不仔細常導致收藏文獻分類混亂。
文獻備註問題
：將文獻匯入文獻管理軟體時通常無法即刻對文獻做備註，隨著收藏文獻數量的增多，很多時候已忘記此文獻內容及收藏此文獻的用意。
全文下載問題
：儘管很多文獻管理軟體有自動下載文獻全文功能，但通常比較雞肋，很多文獻無法自動找到並下載。
全文PDF檔名問題
：無論是自動還是手動下載的文獻全文PDF，其預設檔名通常為類似亂碼的格式，如不及時更改很快便難以尋找。此外，很多研究團隊要求將全文PDF的檔名設定為統一格式如
第一作者-雜誌名-標題
，而修改檔名這一過程非常繁瑣、耗時。在導師要求將全文發給他的時候，學生通常需要花費大量時間整理文獻並重命名PDF。
文獻附件管理問題
：很多文獻有附件（supplemental material），這些附件多有很重要的價值，但預設下載的附件檔名形式各異，且文獻管理軟體通常不能對附件進行很好分類管理，管理文獻附件有時會十分棘手。
基於對以上‘痛點’的理解，我製作了EasyPubMed文獻管理助手（Reference Manager）。針對以上各‘痛點’，文獻管理器具備以下特點予以解決：
多軟體切換問題
：文獻管理助手完全在瀏覽器中執行。此外，目前瀏覽器如Edge，其PDF閱讀功能已經十分完備，不但可以閱讀PDF還可以做標記、備註。因此，文獻閱讀時文獻搜尋、管理、閱讀均可以在瀏覽器中完成，不必再多個軟體中反覆切換。
文獻分類管理問題
：文獻管理助手預設文獻按照專案（Project）進行分類存放。在PubMed搜尋介面設計了收藏（Collect）功能，可以一鍵快速收藏文獻至所對應專案。
文獻備註問題
：收藏時可以即刻對文獻進行旗標、星價、加標籤並輸入備註，方便以後查詢、閱讀。在文獻管理介面可以隨時對上述標註進行修改。
全文下載問題
：預設支援從UnpayWall、Sci-Hub、Libgen多渠道下載文獻全文，大多數文獻都可以輕易獲取
全文PDF檔名問題
：支援自動重新命名下載的全文PDF，所有下載的全文PDF命名整齊劃一。
文獻附件管理問題
：每篇文獻的附件都儲存在獨立的資料夾中，且下載時可以自定義檔名，方便尋找。
文獻管理助手入門
1。 如何將文獻匯入文獻管理助手？
目前支援三種方式：
透過PubMed網站EasyPubMed工具條Collect功能收藏文獻
2。 在選單欄點選“New Article”進入介面，可以透過搜尋PubMed、Zotero、PMID、DOI號碼插入文獻
3。 在選單欄點選‘IMPORT’透過匯入BIBTEX、RIS、CSL-JSON格式的檔案將其他文獻管理軟體內文獻插入。
建議使用RIS格式匯入，其與文獻管理軟體相容性最好
。
2。 如何透過文獻管理助手下載文獻全文PDF？
文獻管理提供兩種文獻下載方式：單篇文獻下載、批次文獻下載
單篇文獻下載：點選每條文獻右側操作按鍵區‘Download’按鍵，即可自動下載單篇文獻。
批次文獻下載：點選‘Batch Download’按鍵進入批次下載文獻全文介面。
1. 設定
在位址列輸入‘chrome：//settings/downloads’（chrome瀏覽器）或‘edge：//settings/downloads’（edge瀏覽器）開啟瀏覽器下載設定介面。**確保關閉‘下載前詢問每個檔案的儲存位置’功能。如不關閉，當文獻批次下載時，每下載一篇文獻就會詢問一次文獻全文PDF儲存的位置。**設定完成後，點選‘Downloads settings have been set correctly’進入下一步
2. 批次下載
選擇希望批次下載文獻的專案，點選下載（Download）開始批次下載。批次下載時會顯示批次下載介面資訊（Download Article Detail）介面，介面會展示下載進度、需下載文章數、成功下載文章數（Success）、正在下載文章數（Downloading）、等待下載文章（Waiting）。下載過程會需要一定時間，可以點選隱藏（Hide）隱藏下載介面。當下載完成後會出現如下介面提示下載已完成（Download Complete）。如下載過程中出現錯誤，可以透過重新整理頁面（按F5鍵）停止全部下載。
3。 收藏在文獻管理助手內的文獻可以匯入到其他文獻管理軟體如Endnote， Citavi， Zotero， NoteExpress嗎？
可以，點選‘Export’進入文獻匯出介面，選擇希望匯出的專案名稱及文獻格式（BIBTEX、RIS、CSL-JSON）。
建議使用RIS格式匯出，其與文獻管理軟體相容性最好
。點選複製按鍵即可複製相應文獻資訊到剪貼簿，點選‘Export to file’即可將文獻以選定格式匯出到您選定的資料夾內。一般文獻管理軟體均支援BIBTEX、RIS格式的文獻匯入，具體操作參見各軟體使用指南。
4。 如何新增文獻全文及文獻附件？
新增文獻 全文
：如果您已經透過其他途徑獲取到原文PDF或其下載地址，您可以透過此按鍵將全文新增到助手中。點選‘ATTACH’按鍵，進入新增全文介面（‘Attach Full-text URL/PDF’）。操作過程見上方動圖。
如您可獲得全文下載網址，可在‘Input Full-text URL’輸入框中輸入此網址，點選其後方的綠色按鍵完成新增
如您已下載全文PDF至電腦，可點選‘Input Full-text PDF’，您可以在彈出的檔案選擇框中選擇已下載的全文PDF，而後點選其後方綠色按鍵完成新增
新增文獻附件
：文獻管理助手可以幫助管理文獻的附件（supplementary material）。將滑鼠懸停到‘Attach’按鍵上方，其下方會出現‘Supplement’按鍵，點選此按鍵可以進入新增附件介面。操作過程見上方動圖。
可在‘Supplementary Material Label’設定附件標籤，此標籤將被自動重新命名下載的附件
與新增全文PDF一致，助手也提供兩種新增附件的方式：透過連結（Supplementary Material URL）或透過選擇已下載檔案（Upload Supplementary Material）新增附件，詳情參考上圖動畫
當該文獻存在附件（Supplement）時，將滑鼠懸停到‘Download’/‘Open’按鍵上方，其下方會出現‘Supplement’按鍵，點選此按鍵可以進入開啟附件介面
5。 下載的全文及附件儲存在哪裡？
文獻全文預設儲存在‘瀏覽器預設下載資料夾/EasyPubMed/專案名’內，文獻附件儲存在‘瀏覽器預設下載資料夾/EasyPubMed/專案名/文獻名/’資料夾內。瀏覽器預設下載資料夾可在chrome：//settings/downloads（chrome瀏覽器）或edge：//settings/downloads（edge瀏覽器）設定。
文獻管理助手使用說明
點選EasyPubMed圖示，在彈出頁面點選Reference Manager即可進入文獻管理助手。目前文獻文獻管理助手僅有英文版本。
初次使用設定
初次使用時會彈出設定介面（Settings），您需要在這裡為下載的文獻全文檔名格式、預設標籤進行設定。
1。 設定文獻全文檔名格式
當選擇文獻全文命名格式後，檔名樣例將在Filename Example處展示。目前支援以下幾種格式
Title：全文PDF以
標題
命名
LastAuthorFamilyName-FirstAuthorFamilyName-Year-JournalName-Title：全文PDF以
最後作者姓-第一作者姓-發表年份-雜誌名縮寫-標題
命名
PMID：全文PDF以
PMID
命名
PMID-Title：全文PDF以
PMID-標題
形式命名
如果您研究團隊需要其他文獻命名方式，您可以透過傳送郵件到[email protected]或在https://github.com/naivenaive/EasyPubMed/issues中發起新提議以將您的需求告知我，我將在後續版本中加入反饋需求較集中的全文PDF命名格式。
2。 設定預設標籤
文獻管理助手預設的標籤（Tag）有Read、Go throurh reference、Discussion，即新建專案時，這些標籤是預設可選擇的。如果您需要設定其他預設標籤，您可以在Add Default Tag處輸入，並按回車鍵或點選後方‘+’新增。雙擊標籤可以刪除。
選單區
選單區位於介面上方，其中各按鍵功能如下
1。 選擇專案（Select Project）
可在此處下拉選單選擇專案（Project），預設專案為My Collection。除設定專案外，第一個專案為‘ALL PROJECT’，選擇此專案將會在文獻展示介面展示所有的文獻（如多個專案含有同一個文獻，此文獻將只展示一次）。選擇‘ALL PROJECT’專案主要用於搜尋文獻食用。
2。 專案編輯（Edit Project）
在此介面可以對專案進行編輯。可在‘Add Project’輸入框中輸入新建的專案名稱，點選回車或後方＋按鍵建立新的專案。專案名稱不能重複且不能以下劃線‘_’開始。專案列表（Project List）展示已建立的專案，點選各專案後方✎按鍵重新命名專案，點選專案後方 按鍵刪除此專案。
3。 插入新文獻（New Article）
在此介面可以搜尋並新增文獻至專案。目前支援四種搜尋模式：Pubmed、Zotero、PMID、DOI
Pubmed：搜尋Pubmed資料庫，可以鍵入文章題目、PMID號等內容，其搜尋結果與PubMed搜尋基本一致
Zotero：搜尋Zotero資料庫，可以搜尋論文、書籍等內容
PMID：根據PMID號碼搜尋
DOI：根據DOI搜尋，DOI號碼為以‘10。’開頭如‘10。1080/13548506。2018。1529323’
搜尋結果將在下方展示，點選文獻將進入文獻標註編輯介面，操作方式介紹見編輯文獻標註。點選‘ADD’將文獻新增到目前專案。
4。 匯入文獻（Import）
可以透過文獻匯入（Import Article）介面將其他文獻管理軟體的參考文獻匯入文獻管理助手。匯入前請選擇需要將文獻所匯入的專案名稱（Add to project）。目前助手支援三種匯入格式（Reference Type）：BIBTEX、RIS、CSL-JSON。可以將文獻資訊複製到Reference輸入框，也可以透過從檔案讀取（Read from file）形式將各種格式文獻資訊插入。點選匯入（Import）按鍵，開始匯入。為了匯入資料的正確性，匯入文獻過程中，助手會從網際網路獲取並分析文獻最新的資料（Analysing reference ），這可能需要一些時間。如希望停止匯入可以點選停止（Stop），如下圖。
匯入完成後，會出現如下介面，請再次確認希望匯入的專案，並點選確定（Confirm）完成匯入。
為了最佳的相容性，建議選擇RIS格式匯入。匯入文獻操作請參見匯入演示。
5。 匯出文獻（Export）
可以透過文獻匯出（Export Article）介面將文獻管理助手中的參考文獻匯出。匯出前請選擇需要將文獻所匯出的專案名稱（Export Project），如果希望匯出部分參考文獻，請先勾選希望匯出文獻前方的選擇框，並選擇輸出專案（Export Project）框中的‘Selected Articles
’專案。目前助手支援三種匯出格式（Reference Type）：BIBTEX、RIS、CSL-JSON。可以點選‘ ’標誌複製複製文獻資訊，也可以選擇將參考文獻資訊匯出到檔案（Export to file）。為了最佳的相容性，建議選擇RIS格式匯出。匯出文獻操作請參見匯出演示。
6。 批次下載（Batch Download）
在此介面可以批次下載文獻全文。實現批次下載分為兩個步驟：
設定
下載設定（Downloads Settings）
初次使用，透過在位址列輸入‘chrome：//settings/downloads’（chrome瀏覽器）或‘edge：//settings/downloads’（edge瀏覽器）開啟瀏覽器下載設定介面。
在此介面可以設定預設文獻下載目錄（Location）。
請確保關閉‘下載前詢問每個檔案的儲存位置’功能。如不關閉，當文獻批次下載時，每下載一篇文獻就會詢問一次文獻全文PDF儲存的位置。
設定完成後，點選‘Downloads settings have been set correctly’進入下一步
批次下載
選擇希望批次下載文獻的專案
點選下載（Download）開始批次下載。
進入批次下載介面資訊（Download Article Detail）介面後上方會展示下載進度、需下載文章數、成功下載文章數（Success）、正在下載文章數（Downloading）、等待下載文章（Waiting）。下載過程會需要一定時間，可以點選隱藏（Hide）隱藏下載介面。當下載完成後會出現如下介面提示下載已完成（Download Complete）。如希望瞭解此次下載資訊，可以在Batch Download Article介面點選Last download detail瞭解。如下載過程中出現錯誤，可以透過重新整理頁面（按F5鍵）停止全部下載。
https：//
hebing。qianyu2016。com/a
pi/index/index/image_id/76691
（二維碼自動識別）
批次下載演示參見如何透過文獻管理助手下載文獻全文PDF
7。 設定（⚙️）
點選‘⚙️’進入設定介面，此介面功能與初次使用時頁面相同。可在此介面設定文獻全文檔名格式、預設標籤。具體介紹請參考初次使用。
8。 搜尋（Search）
可在搜尋（Search）輸入框內輸入論文標題、作者、雜誌名、標籤、備註、PMID、PMCID、DOI以搜尋。搜尋結果將在文獻展示區展示。
9。 過濾（Filter）
過濾介面預設是隱藏狀態，點選右側‘⬇’開啟過濾介面，在此點選可隱藏過濾介面。在過濾介面可以透過標籤（Tags）、星價（Star）、論文發表年份（Year）範圍、論文影響因子（Impact factor）範圍、旗標（藍旗標、紅旗標）及是否有已下載全文PDF進行過濾。過濾結果將在文獻展示區展示。
文獻展示區
如上圖所示，文獻展示介面包含四個功能部分選擇、排序、文獻資訊及標註、操作按鍵。
選擇
點選上方全選按鍵（Select All），可以選擇當前專案全部文獻。點選文獻前方框，可以選中此文獻。該功能主要用於將特定的文獻輸出。
排序
目前支援5種排序方法，再次點選排序按鍵將以相反順序排序，
依據更新時間（Update Time）排序：預設先展示近期新增文獻
依據標題（Title）排序：預設根據標題首字母順序排序
依據雜誌（Journal）排序：預設根據雜誌首字母順序排序
依據發表年份（Year）排序：預設根據文章發表年份由小到大順序排序
依據雜誌影響因子（IF）排序：預設根據雜誌首影響因子由小到大排序
依據文章星價（Star）排序：預設根據文章星價由小到大（1星至5星）順序排序
文獻資訊及標註展示
由上至下、由左至右依次展示：文章標題、雜誌（包含雜誌影響因子（IF）、JCR分割槽（Q）、中科院分割槽（B））、發表年份、第一作者姓名、最後作者姓名、PMID（點選可連線至PubMed）、PMCID（點選可連結至PMC）、DOI（點選可連結至文章頁面）
下方依次展示您對此文章的標記：星價、旗標、標籤（Tag）以及備註
最後一行展示雜誌摘要，點選‘下箭頭’按鍵即可展示此文章在PubMed中摘要
操作按鍵
1。 下載（Download）/開啟（Open）
初次載入文章時，‘Download’按鍵初始為失活（灰色）狀態。系統會自動獲取文獻全文PDF連結，如獲取成功，‘Download’按鍵變為藍色啟用狀態。
點選啟用的‘Download’按鍵會自動下載PDF，下載成功後按鍵會變為‘Open’。下載演示參見如何透過文獻管理助手下載文獻全文PDF
點選‘Open’按鍵會在瀏覽器內開啟此篇PDF文件。
如上圖，當該文獻存在附件（Supplement）時（附件新增方法見文獻附件新增），將滑鼠懸停到此按鍵上方，其下方會出現‘Supplement’按鍵，點選此按鍵可以開啟附件介面
附件介面展示此片文獻存在的所有附件，可以透過操作右側按鍵進行操作包括：開啟附件、開啟附件所在資料夾、刪除附件
2。 引用（Citation）
此介面與EasyPubMed工具條點選‘Citation’所展示介面相同，在此介面進行的設定可以自動儲存與EasyPubMed工具條‘Citation’所展示介面同步
① 選擇需要的引用格式（Citation Style），可選擇的引用格式包括CSL格式和自定義的3種格式。CSL（Citation Style language）是目前開發最為完備的文獻引用編輯語言，支援自動生成10000+雜誌的文內引用格式及文末參考文獻格式。CSL支援的雜誌EasyPubMed外掛均支援。自定義的3種格式為科研人員經常在做論文筆記時使用的文獻引用格式：
Quick Reference（Last Author）：文內引用格式為
通訊作者，發表年份，雜誌名縮寫［影響因子，PMID］
，文末參考文獻格式為
雜誌名縮寫。發表年份 月份 日期；卷（期）：頁碼
Quick Reference（First， Last Author）：文內引用格式為
通訊作者，發表年份，雜誌名縮寫［影響因子，PMID］
，文末參考文獻格式同上
Powerpoint Reference：為製作幻燈片時常用的文獻引用格式，形式為
第一作者（如作者有多人則跟隨et al。） 雜誌名縮寫 發表年份
如您在使用中有其他文獻引用格式需求，可以透過錯誤報告及建議聯絡我，我將在後續版本中加入反饋需求較集中的文獻引用格式。
② 選擇引用語言，預設為自動（Auto），通常不需要更改
③ 展示文內引用格式，點選前方 可複製
④ 展示文末參考文獻格式，點選前方 可複製
⑤ 選擇文獻格式，支援BIBTEX、RIS、CSL-JSON三種格式，可將文獻資訊匯入Endnote、Citavi、Zotero、NoteExpress等文獻管理軟體
⑥ 複製文獻資訊
⑦ 根據⑤選擇的格式展示相應文獻資訊
3。 全文PDF（Full-text PDF）
點選此按鍵連結至所找到全文PDF的網站
將滑鼠懸停到此按鍵上方，如果該文獻存在doi號，其下方會出現‘SCI-HUB LINK’按鍵，點選此按鍵可以直接開啟此文獻所對應SCI-HUB網站連結
4。 更新參考文獻（Update Ref）
當匯入從文獻管理軟體輸出的文獻時，該文獻的資訊可能並不完整如沒有PMID、DOI號，因此助手可能無法透過匯入的資訊幫助找到文章全文。此時，可以點選‘Update Ref’按鍵進入更新參考文獻介面，可透過以下操作幫助從網際網路獲取文獻更完整的資訊。
點選‘Find PMID/DOI’，助手會預設搜尋PubMed資料庫，並展示搜尋結果。
如果搜尋到您想載入的文獻，請點選此文章，介面會在上方展示原始文獻資訊（Original Information），下方展示更新後的文獻資訊（New Information）。點選下方Update完成更新。
如果PubMed資料庫未找到心儀的文獻，可以點選Find more，助手將會搜尋DOI資料庫查詢文獻，若能找到目標文獻，可以透過上述方法更新。
如果兩種方法均不能找到此檔案資訊，您可以在‘Reference Data’處以CSL格式手動輸入文獻資訊並更新。如您對CSL不熟悉，不建議常規使用。
5。 新增文獻全文（Attach）/文獻附件（Supplement）
新增全文
如果您已經透過其他途徑獲取到原文PDF或其下載地址，您可以透過此按鍵將全文新增到助手中。點選‘ATTACH’按鍵，進入新增全文介面（‘Attach Full-text URL/PDF’）
助手提供兩種新增文獻全文方式
如您可獲得全文下載網址，可在‘Input Full-text URL’輸入框中輸入此網址，點選其後方的綠色按鍵完成新增
如您已下載全文PDF至電腦，可點選‘Input Full-text PDF’，您可以在彈出的檔案選擇框中選擇已下載的全文PDF，而後點選其後方綠色按鍵完成新增
新增文獻附件
文獻管理助手可以幫助管理文獻的附件（supplementary material）。將滑鼠懸停到此按鍵上方，其下方會出現‘Supplement’按鍵，點選此按鍵可以進入新增附件介面
可在‘Supplementary Material Label’設定附件標籤，此標籤將被自動重新命名下載的附件
與新增全文PDF一致，助手也提供兩種新增附件的方式：透過連結（Supplementary Material URL）或透過選擇已下載檔案（Upload Supplementary Material）新增附件，詳情參考上圖動畫
當該文獻存在附件（Supplement）時，將滑鼠懸停到‘Download’/‘Open’按鍵上方，其下方會出現‘Supplement’按鍵，點選此按鍵可以進入開啟附件介面
6。 重置（Reload）
如外掛未能尋找到全文、或下載的文獻全文不正確，可以點選‘Reload’按鍵，助手將會清除已下載原文，並重新從網路獲取文獻全文地址。
7。 開啟文獻全文位置
文獻全文預設儲存在‘瀏覽器預設下載資料夾/EasyPubMed/專案名’內，文獻附件儲存在‘瀏覽器預設下載資料夾/EasyPubMed/專案名/文獻名/’內。瀏覽器預設下載資料夾可在chrome：//settings/downloads（chrome瀏覽器）或edge：//settings/downloads（edge瀏覽器）設定。
8。 文獻全文另存為
另存為文獻全文PDF到您希望儲存的位置，見上圖
9。 編輯文獻標註
此介面與EasyPubMed工具條點選‘Collect’所展示介面類似，在此介面進行的設定可以自動儲存與EasyPubMed工具條。
① 介面上方顯示此篇文章的基本資訊包括題目（Title）、發表雜誌（Journal）、作者（Author）、PMID、DOI
② 為此文章進行星價，點選末端‘ ’鍵可以重新評價
③ 為此文章設立紅旗標記或綠旗標記，您可以自定義各標記意義，如紅旗表示文章重要，藍旗表示文章需要進一步閱讀等
④、⑤為此文章設立標籤（Tag），預設標籤有Read、Go through reference、Discussion，預設標籤可在設定處設定。點選‘Add Tag’輸入框會彈出目前專案已設立標籤並可選擇，也可在輸入框輸入新的標籤，點按回車或後方➕鍵加入標籤。已設立的標籤會在左側展示，
雙擊已加入標籤可以將其刪除
⑥ 為此文章註釋（note），如可輸入備註資訊
⑦ 點選‘Update’鍵，文獻標註資訊將被更新，點選‘Close’鍵關閉介面
10。 刪除文獻
如上圖，點選‘Delete’刪除此篇參考文獻。如果勾選‘Delete the linked PDF file’，與此文獻關聯的全文PDF也將被刪除。
捐贈
文獻管理助手（Reference Manager）是EasyPubMed外掛最新開發的功能。EasyPubMed是完全免費的，但此擴充套件開發過程需要耗費很多的時間和精力。
如果您覺得此擴充套件有用、好用，能否請作者吃一份烤冷麵（10元），喝一杯咖啡（20元），一盤鍋包肉（50元）或一頓美味的海底撈（100元）呢？我將深受鼓舞並盡力維護好此專案。
作者
田振
經歷
2010-2015：上海交通大學醫學院就讀臨床醫學
2015-2018：復旦大學上海醫學院就讀；華山醫院面板科住院醫生
2018-今：自由職業，等待機會與希望，運似輕舟，世間滄海，願神庇佑
興趣愛好
聊人生和希望
面板病診療 （銀屑病、痤瘡、脫髮等）， 醫療美容 （護膚品、鐳射等）
醫學科普及醫學教育
醫學統計及生物資訊學，使用R、Python處理醫學相關資料
前端程式設計（JavaScript、CSS、HTML、Vue）開發擴充套件
如果您和我有相似的興趣，或者您遇到困難覺得我的興趣愛好可能對您有所幫助，亦或您單純想同我聊一聊人生和希望，歡迎與我聯絡。
聯絡方式
Email： tianzhenwork@outlook。com
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