R語言作圖——Line plot

原創：黃小仙

最近小仙同學在Nature Cell Biology上看到了這樣一張圖，很常見的

折線圖

畫成這個樣子——原來很常見的圖示型別也可以“煥發新春”！

今天小仙同學就嘗試用R復刻一張類似的折線圖。

Step1. 繪圖資料的準備

首先要把你想要繪圖的資料調整成R語言可以識別的格式，建議大家在excel中儲存成

csv格式。

資料的格式如下圖：一

列表示

一種

變數

，最後一列是每一行的行名。

假設我們有一組

單細胞測序的基因表達量

資料，第一至九列表示9種基因，第十列表示每一行細胞的標籤。

Step2.

繪圖資料的讀取

data<-read。csv（“your file path”， header = T）

#註釋：header=T表示資料中的第一行是列名，如果沒有列名就用header=F

ave<-read。csv（“your file path”， header = T）

#註釋：ave表示平均值資料

Step3.繪圖所需package的安裝、呼叫

library（ggplot2）

library（reshape2）

#註釋：package使用之前需要呼叫

Step4.繪圖

data_melt<-melt （data， id。vars=“Cell”）

ave_melt<-melt （ave， id。vars = “Type”）

#註釋：melt（）函式把表格中的寬資料變成長資料，注意id。vars對應的引數是相應標籤列的列名

p<-ggplot（）+geom_line（data=data_melt，aes（x=variable，y=value，group=Cell），size=1，colour=“gray”）+

geom_line（data=ave_melt， aes（x=variable，y=value，group=Type），size=2，colour=“#E3191C”）+

theme（panel。background = element_blank（），axis。line = element_line（colour = “black”），panel。border = element_rect（colour =“black”，fill=NA））

p

好啦，今天的分享就到這裡了。

今天小仙同學還想留一個問題，如果有很多個excel檔案要轉存為csv格式，手動操作是不是太慢了一點呢，用什麼方法可以快一點呢？小仙同學有一個方法，下次揭曉哦！

R語言作圖——Histogram

R語言作圖——Violin plot

R語言作圖——Facet violin plot

R語言作圖——Line plot

R語言作圖——Density plot

R語言作圖——Bubble matrix

R語言作圖——Radar chart

（公眾號：生信了）