育種中如何檢查系譜是否有錯誤
系譜檢查常見錯誤，包括：
個體有重複值
父母本交叉
系譜有迴圈
這些情況應該如何快速檢查呢？
這裡推薦我寫的R包
learnasreml
中的
check_pedigree
函式，簡單好用，結果友好。能夠檢查：
個體是否有重複值
父母本是否有交叉
至於系譜迴圈檢查，推薦欒生老師寫的
visPedigree
包中的函式
tidyped
。下面介紹函式的用法。
1。 正常的系譜
這裡使用
asreml
包中的harvey。ped資料：
> head（ped）
Calf Sire Dam
1 101 Sire_1 0
2 102 Sire_1 0
3 103 Sire_1 0
4 104 Sire_1 0
5 105 Sire_1 0
6 106 Sire_1 0
> learnasreml：：check_pedigree（ped）
系譜共有行數： 65
個體共有個數： 65
父本共有個數： 9
母本共有個數： 0
個體沒有重複！
父母本個體沒有交叉！
可以看到，共有65行系譜，個體沒有重複，父母本沒有交叉。
「使用visPeidgree包：」
在這裡插入程式碼片> pped = visPedigree：：tidyped（ped = ped）
Warning message：
In checkped（ped_inter， addgen） ：
In the sire or dam column， Blank， Zero， asterisk， or character NA is recognized as a missing parent and is replaced with the missing value NA。
> head（pped）
Ind Sire Dam Gen Sex IndNum SireNum DamNum
1： Sire_1
2： Sire_2
3： Sire_3
4： Sire_4
5： Sire_5
6： Sire_6
「使用nadiv包檢查系譜：」
> pped = visPedigree：：tidyped（ped = ped）
Warning message：
In checkped（ped_inter， addgen） ：
In the sire or dam column， Blank， Zero， asterisk， or character NA is recognized as a missing parent and is replaced with the missing value NA。
> head（pped）
Ind Sire Dam Gen Sex IndNum SireNum DamNum
1： Sire_1
2： Sire_2
3： Sire_3
4： Sire_4
5： Sire_5
6： Sire_6
2。 個體重複的系譜
「使用nadiv檢查系譜：」
> ped = data。frame（ID = c（1：10，5，8）， Sire = paste0（“A”，1：12）， Dam = paste0（“B”，1：12））
> ped
ID Sire Dam
1 1 A1 B1
2 2 A2 B2
3 3 A3 B3
4 4 A4 B4
5 5 A5 B5
6 6 A6 B6
7 7 A7 B7
8 8 A8 B8
9 9 A9 B9
10 10 A10 B10
11 5 A11 B11
12 8 A12 B12
> nadiv：：prepPed（ped）
Error in nadiv：：prepPed（ped） ：
some individuals appear more than once in the pedigree
可以看到，報錯，顯示ID中有重複，但是沒有說明哪些有錯誤。
「visPedigree檢查系譜：」
> visPedigree：：tidyped（ped）
Error in checkped（ped_inter， addgen） ： Please check the pedigree！
In addition： Warning messages：
1： In checkped（ped_inter， addgen） ：
The 2 duplicated individual IDs are found in the pedigree。 Only the first 2 records are shown。
2： In checkped（ped_inter， addgen） ： 5， A5， B5
3： In checkped（ped_inter， addgen） ： 8， A8， B8
提示，系譜5和8有重複。
「learnasreml包檢查系譜：」
> learnasreml：：check_pedigree（ped）
系譜共有行數： 12
個體共有個數： 10
父本共有個數： 12
母本共有個數： 12
個體重複數為： 2 個，分別是： 5 8
父母本個體沒有交叉！
這個結果最友好，中文的，顯示個體重複編號是5，8。
提取這兩個系譜：
> ped %>% filter（ID %in% c（5，8））
ID Sire Dam
1 5 A5 B5
2 8 A8 B8
3 5 A11 B11
4 8 A12 B12
可以看到，這裡ID有重複，但是其父母本不一樣，應該是系譜錯誤所致。
如何安裝
learnasreml
#安裝方法：
if （！requireNamespace（“devtools”）） install。packages（“devtools”）
library（devtools）
install_github（“dengfei2013/learnasreml”）
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